不论是毒性弥漫性甲状腺肿，还是外用过多甲状腺激素引起的甲亢，或其他类型的甲亢，凡是发病的时间较长，均可能影响肌肉骨骼系统，最常见的是骨质减少和骨质疏松，也可伴有骨折。这些和甲状腺激素刺激骨骼的吸收有关系。肠道对钙质吸收受损害，也可引起骨质减少，在甲亢经过治疗病情好转以后，骨质疏松也可以好转。

   甲状腺杵状指是毒性弥漫性甲状腺肿一种不常见的表现，指的末端膨大，好像鼓锤一样，发生于约1%过去与现在有甲状腺病的患者，常发生在手术或放射性碘治疗甲亢后约1年的时间。此种表现也伴有围绕掌骨关节和指（趾）的远端软组织肿胀的骨关节炎。病人甲状腺功能恢复正常后，也可见有杵状指。主要表现包括肢端软组织肿胀、杵状指及骨膜炎，尤以掌骨多见。患者常同时伴有突眼及胫骨前粘液性水肿。本病有局部疼痛；触摸时骨膜上有新骨形成，炎症现象不明显。用甲状腺激素或泼尼松治疗后，一些病人可部分好转，肢端及指部疼痛部分消失，骨膜的新骨增生消退。

   甲状腺功能亢进症的其他骨头、关节表现还有肩关节周围炎、类风湿关节炎等。甲亢病人在甲状腺功能正处在亢进时，或功能恢复正常以后，可与肩关节周围炎同时存在，这两种情况同时共存的发生率还不清楚，有人介绍，在甲亢中，约有20%的病人可有肩关节活动受限。